Les données de la recherche Données brutes, traitées, dérivées ? Une distinction portant, à la fois sur le cycle de vie et la nature des données, s'est imposée progressivement, tout en suscitant de nombreuses questions et des débats entre chercheurs ; il s'agit de la distinction entre données brutes, traitées et dérivées. Les données "brutes" (raw data) correspondraient aux enregistrements directs, factuels, d'une réalité (par exemple, des relevés météorologiques). Mais la notion de donnée brute pose problème, d'abord en SHS, où les données (sociales, économiques, textuelles, etc.), sont toujours le produit d'une construction, d'une problématique de recherche, d'un contexte. En sciences humaines, les données ne sont jamais "brutes", mais bien "données" (voir le billet de Sylvie Fayet). Mais en sciences exactes, les données brutes dépendent aussi d'un contexte, d'un dispositif de recueil, etc. Données ouvertes ? Qu'est-ce qu'un jeu de données ?
Data repositories - Open Access Directory This list is part of the Open Access Directory. This is a list of repositories and databases for open data. Please annotate the entries to indicate the hosting organization, scope, licensing, and usage restrictions (if any). If a repository is open in some respects but not others, please include it with an annotation rather than exclude it. If you're not sure whether a given dataset or data collection is open, post your query to Is It Open Data? Archaeology Also see Social sciences. Astronomy Also see Physics. Biology Also see BCO-DMO, Marine Biology data, listed with Marine Sciences repositories. Chemistry Also see BCO-DMO, Marine Biology data, listed with Marine Sciences repositories. Computer Science CiteSeerX provides its databases of nearly 2 million documents and the associated texts and pdfs for research. Energy DOE Data Explorer. Environmental sciences Also see BCO-DMO, Marine Biology data, listed with Marine Sciences repositories. Geology Geosciences and geospatial data Medicine
Protein Data Bank - RCSB PDB A Structural View of Biology This resource is powered by the Protein Data Bank archive-information about the 3D shapes of proteins, nucleic acids, and complex assemblies that helps students and researchers understand all aspects of biomedicine and agriculture, from protein synthesis to health and disease. As a member of the wwPDB, the RCSB PDB curates and annotates PDB data. The RCSB PDB builds upon the data by creating tools and resources for research and education in molecular biology, structural biology, computational biology, and beyond. Use this website to access curated and integrated biological macromolecular information in the context of function, biological processes, evolution, pathways, and disease states. A Molecular View of HIV Therapy January Molecule of the Month Nuclear Pore Complex Deposition Preparation Tools Data Extraction Small Molecules Ligand Expo: Search the Chemical Component Dictionary for the IDs of released ligands Data Format Conversion 3D Structure Viewers
re3data.org | Registry of Research Data Repositories List of Data Journals (in no particular order) (trac) We don't want to reinvent the wheel when it comes to writing guidelines for data journals, hence it makes sense to see what's out there in terms of pre-exisiting data journals, and what their guidelines are. Below is a (non-exhaustive, in no particular order) list of the data journals we know of, either through personal experience or through internet searches. (Thanks to Tom Pollard for the details about Ubiquity Press and Iryna Kuchma and Simon Hodson for pointing out other journals I missed.) Name of Data Journal Geoscience Data Journal Aims and Scope Geoscience Data Journal provides an Open Access platform where scientific data can be formally published, in a way that includes scientific peer-review. An online-only journal, GDJ publishes short data papers cross-linked to – and citing – datasets that have been deposited in approved data centres and awarded DOIs.
To Share or not to Share? That is the (Research Data) Question… While public access to research articles is a fact of life for much of the scholarly community, access to research data – while a top priority for many governments and other funders, who see it as the key to future economic growth – remains a challenge. There are many reasons for this, both practical (eg, lack of infrastructure) and professional (eg, lack of credit, getting scooped). The publishing community can and does already help with the former, for example through support for NISO, CrossRef, CODATA, and other organizations and, increasingly, the development of data sharing and management solutions. Resolving the professional issues, however, will almost certainly require action by research funders and institutions. 2,886 researchers responded (3.2%), of whom 2,255 (2.5%) were actively working on a research project or had been in the last two years. Click to enlarge. So, based on what our respondents told us, who is sharing what, how, and why (or why not)? Like this: Like Loading...
Data repositories - Open Access Directory From Open Access Directory This list is part of the Open Access Directory. This is a list of repositories and databases for open data. Archaeology Also see Social sciences. Astronomy Also see Physics. Biology Also see BCO-DMO, Marine Biology data, listed with Marine Sciences repositories. Chemistry Also see BCO-DMO, Marine Biology data, listed with Marine Sciences repositories. Computer Science CiteSeerX provides its databases of nearly 2 million documents and the associated texts and pdfs for research. Energy DOE Data Explorer. Environmental sciences Also see BCO-DMO, Marine Biology data, listed with Marine Sciences repositories. Geology Also see PANGAEA, listed under Multidisciplinary repositories. Geosciences and geospatial data Also see DataONE and PANGAEA, listed under Multidisciplinary repositories. Linguistics Marine sciences Also see DataONE and PANGAEA, listed under Multidisciplinary repositories. Medicine Also see Entrez databases, listed under Multidisciplinary repositories. Physics
How to create a good data management plan Data management plans are growing in importance in the world of research. Not only are funders increasingly making these plans a requirement when researchers submit their grant applications, they are also a very useful tool to save researchers time and effort when running experiments. Additionally, they add value to the wider scientific community as well-organized data provides a great starting point for other researchers to carry out further analysis. But what are they? Data management plans simply describe how data will be acquired, treated and preserved both during and after a research project. Recently, Elsevier’s Publishing Campus hosted the webinar “Creating a good research data management plan”, produced in collaboration with the Dutch TechCentre for Life Sciences (DTL), with which Elsevier partners. Practical implementation Q. A. Q. A. Q. A. Q. A. Legal issues Q. A. Q. A. Q. A. The relationship between data and papers Q. A. Q. A. Q. A. International research Q. A. Q. A.
Les données ouvertes et la recherche : quel état des lieux Cette semaine c’est l’Open Access Week. Pour marquer l’occasion, de nombreuses ressources sont publiées (#teasing : reviendez demain pour une nouveauté de et par Pierre-Carl Parmi ces ressources, figshare a édité une compilation d’articles traitant des données ouvertes dans le domaine de la recherche scientifique. Pour rappel, figshare est la première plate-forme au monde à proposer la publication de jeux de données issus d’expérimentation scientifique ainsi que des figures et autres supports n’ayant pas trouvé de place dans un article scientifique « officiel ». Séquence émotion pour votre serviteure qui était en thèse au même moment que Mark, le fondateur de figshare, avec qui on avait organisé une compétition de blogs scientifiques et co-écrit la toute première FAQ de figshare. Mais revenons à nos moutons. Que disent les chercheurs ? Deux articles présentent les conclusions du questionnaire adressé à la communauté scientifique par figshare. « L’économie politique de la recherche »
Gérer et diffuser les données de la recherche: quels enjeux? Les données de la recherche sont précieuses, pour toutes les raisons exposées dans un premier billet. C’est en particulier le cas lorsque leur reproduction est impossible ou difficile (car coûteuse, complexe ou longue) et que leur intérêt potentiel pour la science ou pour la société dépasse le contexte de leur constitution. Il est donc important de les gérer et souhaitable de les partager. Pourquoi associer la gestion et la diffusion des données? La gestion des données (data management) désigne au sens large l’ensemble des activités facilitant : l’exploitation des données pendant un projet (stockage, partage entre partenaires, sécurisation, description, contrôle qualité…),leur préservation à plus ou moins long terme à l’issue du projet,leur réutilisation par les partenaires du projet ou éventuellement par des tiers. La diffusion des données peut se faire quant à elle : Il est en théorie envisageable de bien gérer des données sans pour autant les partager avec des tiers. Pour s’informer
Introduction - Les données de la recherche - FORMADOCT at Université européenne de Bretagne Selon le texte, désormais canonique, de l'OCDE de 2007, "Principes et lignes directrices de l’OCDE pour l’accès aux données de la recherche financée sur fonds publics", "les «données de la recherche » sont définies comme des enregistrements factuels (chiffres, textes, images, sons) utilisés comme source principales pour la recherche scientifique et généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider les résultats de la recherche. Un ensemble de données de recherche constitue une représentation systématique et partielle du sujet faisant l’objet de la recherche » (OCDE, 2007). Cette définition, qui est la plus répandue, met l'accent sur trois dimensions essentielles des données de la recherche : - l'enregistrement : ce sont des enregistrements factuels de la réalité, i.e. des données au sens classique du terme ; - la validation : les données de la recherche servent à la validation des résultats de la recherche ;
Comment diffuser mes données de recherche ? (1/2) | CCSD Dans le cadre de la semaine internationale du libre accès, la journée d’études organisée à Lyon le 25 octobre a eu pour thème Pour une science ouverte et éthique. Le programme est disponible ici et les enregistrements vidéo des conférences du matin là. L’après-midi, un des ateliers, animé par Marilou Pain (CCSD), était consacré à la diffusion des données de recherche. Ce billet propose une partie du contenu de la présentation. Quelques éléments de contexte On assiste aujourd’hui à un phénomène de parcellisation de l’article scientifique. On peut définir les données de recherche comme des entités collectées, observées ou créées à des fins d’analyse pour établir des résultats scientifiques (Borgman 2015, Livre Blanc CNRS 2016). Les données de la recherche peuvent être catégorisées selon leur nature, en prenant comme axe d’analyse les objets étudiés lors de la recherche les ayant produites, ainsi que selon les méthodes d’obtention mises en œuvre. Cycle de vie des données de la recherche
Données de la Recherche