Amazing interactive 3D scatter plots - R software and data visualization - Documentation - STHDA I recently posted an article describing how to make easily a 3D scatter plot in R using the package scatterplot3d. This R tutorial describes how to perform an interactive 3d graphics using R software and the function scatter3d from the package car. The function scatter3d() uses the rgl package to draw and animate 3D scatter plots. The packages rgl and car are required for this tutorial: install.packages(c("rgl", "car")) Note that, on Linux operating system, the rgl package can be installed as follow: sudo apt-get install r-cran-rgl Load the packages: library("car") We’ll use the iris data set in the following examples : data(iris)head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa 5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa sep.l <- iris$Sepal.Lengthsep.w <- iris$Sepal.Widthpet.l <- iris$Petal.Length library(car) scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w) Default plot
Astuce Archives Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile me direz-vous, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent... La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) Lorsque vous êtes sur le point de publier, il va bien falloir expliquer aux futurs lecteurs comment vous avez obtenu les résultats...
clinicR: groupe d'utilisateurs de R à la FMV 21 janvier 2016 Où?: local 115, pavillon Dessaulles clinicR est le RUG (R User Group) de la Faculté de médecine vétérinaire de l'Université de Montréal. Agenda Rencontre #8: Analyse quantitative des biais avec episensr Évaluation des biais avec le package episensr. Rencontre #7: Graphiques dans R Comment réaliser des graphiques dans R, à partir des graphiques de base et du package ggplot2. Rencontre #6: Gestion de données dans R (3) et Dates et temps dans R Deux sessions: (1) Appliquer des fonctions sur des groupes de variables, agrégation de données, combinaisons de jeux de données, passer du format "long" au format "large"; (2) manipulation de dates et temps avec R. Rencontre #5: Gestion de données dans R (2) Opérations sur les variables et observations. Rencontre #6: Gestion de données dans R (3) Agrégation et combinaison de données. Rencontre #7: Gestion de données dans R (4) Travailler avec des dates dans R. Rencontre #4: Gestion de données dans R (1) Windows Mac OS X Linux Firefox SQLite Plugin
Code School - Try R Cours Programmation R R est à la fois un logiciel de statistique et un langage de programmation. R est un logiciel de traitement statistique des données. Il fonctionne sous la forme d'un interpréteur de commandes. Il dispose d'une bibliothèque très large de fonctions statistiques, d'autant plus large qu'il est possible d'en intégrer de nouvelles par le système des "packages", des modules externes compilés (sous forme de DLL sous Windows) que l'on peut télécharger gratuitement sur internet. R propose également une palette étendue de fonctionnalités graphiques. R est un langage de programmation (de script) interprété dérivé de S (disponible dans le logiciel S-PLUS). Au fil des années, R sera de plus en plus incontournable dans le traitement exploratoire et statistique des données. Cet enseignement est avant tout un cours de programmation. Ce cours est dispensé en M2 Statistique et Informatique (SISE). Ricco Rakotomalala – Université Lyon 2
Didacticiel Vous avez surement déjà entendu un barbu vous dire "Tu vas voir LaTeX c'est génial, tu peux même dessiner des molécules avec !". Et du coup vous vous êtes dit que c'est vrai que ça a l'air bien vu qu'on peut même dessiner des molécules avec ! Et effectivement, on peut ! La molécule suivante a été faite avec LaTeX (le premier qui trouve ce que c'est, gagne… le droit de nous écrire un article sur le sujet de son choix)... Bonjour à tous et soyez les bienvenus dans ce 3ème cours de R pour débutant pressé. Derrière ce titre énigmatique, qui n'aura pas été sans vous rappeler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exupéry, se cache un module pour Python qui dira sûrement quelque chose à nos lecteurs assidus spécialisés dans les graphes : pygraphviz ! Je sais pas pour vous mais dans mon labo, le premier réflexe de mes collègues lorsqu'il faut faire une figure ou un poster c'est soit de dégainer la suite Ad*be, soit d'ouvrir P*werPoint. Connaissances requises
FactoMineR : analyse exploratoire de données avec R FactoMineR est un package R dédié à l'analyse exploratoire multidimensionnelle de données (à la Française). Il a été développé et il est maintenu par François Husson, Julie Josse, Sébastien Lê, d'Agrocampus Rennes, et J. Mazet. Il permet de mettre en oeuvre des méthodes analyses de données telles que l'analyse en composantes principales (ACP), l'analyse des correspondances (AC), l'analyse des correspondances multiples (ACM) ainsi que des analyses plus avancées.
Faire un CodeBook avec RStudio | R4CIAM Version utilisée: R version 3.1.0 (2014-04-10) -- "Spring Dance", RStudio version 0.98.942. Lorsque l'on travaille avec R, on écrit souvent de longs documents contenant du code (des scripts R). Pour s'y retrouver, on ajoute généralement des commentaires indiquant pourquoi et comment on a réalisé certaines des instructions présentes dans le script. Avec des packages comme Sweave (voir la fiche Introduire du code et des sorties R dans un document LaTeX avec Sweave, et le tutoriel Automatiser la production de documents), R.rsp (voir la fiche Créer des documents avec le package R.rsp) ou knitr on peut même aller plus loin et produire automatiquement des documents de type rapport où code, sorties et explications se mèlent. Néanmoins, tous les scripts n'ont pas vocation à devenir des documents de type rapport. Par exemple, le script CodeBookExV2.R ci-dessous traité par RStudio génère, au choix, le document CodeBookExV2.htmlCodeBookExV2.pdfCodeBookExV2.docx
François Husson - R corner Je suis investi dans la création et le développement de plusieurs packages sous R. Ces packages permettent de mettre à disposition les méthodes que nous développons au laboratoire et permettent de fournir aux étudiants et plus largement à la communauté scientifiques des outils gratuits pour l'analyse des données et la sensométrie. FactoMineR J'ai créé avec Sébastien Lê et je développe avec Sébastien Lê et Julie Josse le package FactoMineR, package dédié à l'analyse des données. missMDA J'ai créé avec Julie Josse le package missMDA qui permet de gérer les données manquantes en analyse des données (ACP, ACM ou AFM). SensoMineR SensoMineR est un package dédié à l'analyse de données sensorielle. agrocampus agrocampus est un package (non disponible sur le CRAN) qui permet de faire de l'analyse de la variance ou de l'analyse de covariance, il permet également de tester des plans d'expériences. Tutoriels sur l'utilisation du logiciel R (voir toutes les vidéos dans une playlist) Tutoriel en ACP